利用条鳅科部分种的线粒体基因组，对云南鳅族的系统发育关系及其物种的分类地位进行研究。分子结果暗示：首先，云南鳅族不是单系的，云南鳅族种类被分为三支：黑斑云南鳅（Y.nigromaculatus）构成独立的一支，位于树的基部；Petruichthysbrevis与条鳅族的南鳅属（Schistura）种类形成姐妹群；小条鳅属（Micronemacheilus）、异条鳅属（Paranemachilus）、沙猫鳅属（Traccatichthys）、云南鳅属（Yunnanilus）与北鳅族的北鳅属（Lefua）、岭鳅属（Oreonectes）和洞鳅属（Troglonectes）交互聚在一起；四川云南鳅（Y.sichuanensis）与高原鳅属种类聚为一支。其次，系统发育结果不支云南鳅属的单系性，黑斑云南鳅形成一个单系，与条鳅科其它种类形成姐妹群；靖西云南鳅（Y.jinxiensis）与颊鳞异条鳅（P.genelepis）聚成一个单系，而丽纹云南鳅（Y.pulcherrimus）与Micronemacheluscruciatus聚为一个单系。在形态上，Eonemachilus（中文名：始条鳅属）、间条鳅属、小条鳅属、异条鳅属、原条鳅属、中条鳅属和云南鳅属可依据前、后鼻孔的位置、唇部结构、颊部是否被鳞，以及头部侧线管是否存在等联合性状，将这些属区分开来，如间条鳅属、异条鳅属、原条鳅属和沙猫鳅属的前、后鼻孔相邻，而始条鳅属、小条鳅属和云南鳅属的前、后鼻孔分开一小段距离。此外，异条鳅属颊部被鳞，而其它属种类颊部无鳞。小条鳅属和沙猫鳅属的上下唇均有较大的乳突。在本研究中，依据分子和形态结果，将丽纹云南鳅移入小条鳅属；长须云南鳅和白莲云南鳅移到间条鳅属；靖西云南鳅移到异条鳅属。此外，原云南鳅属中黑斑云南鳅种组的种类被移到始条鳅属。